Od 2006. godine do danas Odsjek za zaštitu prirode i okoliša samostalno je pokrenuo ili sudjelovao u većem broju nacionalnih i međunarodnih projekata, ali i u projektima financiranim od strane Europske unije iz Europskih strukturnih i investicijskih fondova (ESIF) te pretpristupnih programa dostupnih Republici Hrvatskoj. Odsjek ima jasno definiran djelokrug poslova, čime je definirana tematika ili problemski okvir projekata u koje se uključivao, ali i namjerava ubuduće uključivati.
Svi projekti odnose se isključivo na domenu zaštite prirode i okoliša, a tematski se ističu domene gospodarenja otpadom te zaštita krša i izvorišta pitkih voda, kao područja u kojima je realiziran najveći broj projekata.
Podršku i pomoć u Istarskoj županiji u praćenju dostupnih natječaja i programa te u pripremi i provedbi EU projekata pruža Javna ustanova "Regionalni koordinator Istarske županije za europske programe i fondove - Coordinatore regionale della Regione Istriana per i programmi e fondi europei", koja redovito obavještava sve upravne odjele i županijske institucije o mogućnostima prijave svojih projektnih ideja na natječaje koji su trenutno otvoreni
